Suly, ví que me mandaste un mail por este tema, pero aprovecho y te lo respondo por acá.

Si no tenés la factura original, interpreto que ya se la enviaste a tu cliente, por lo cual no corresponde anularla.

Lo que podés hacer es emitir una Nota de Crédito y enviarle la misma a tu cliente, con lo cual neteás la operación relacionada a dicha factura.

Saludos.