1) Por qué el 649 le dio Saldo a Pagar? Lo más lógico sería que la empresa Retenga mes a mes con la información que el empleado haya declarado previamente y en el 649 no debería haber diferencia, ni a favor ni a pagar (si hay diferencia, la empresa devuelve o retiene de más, por lo cual la DDJJ debería quedar compensada).

Lo más lógico es que el empleado tenga saldo a favor (una vez computado el 649) por deducciones que no declaró y al cargarlas, el Impuesto anual debía haber sido menor, quedando la diferencia exteriorizada en Saldo a Favor vía DDJJ.

2) Para poder tomarse las Deducciones, la obligación del empleado es declararlas en el SIRADIG.
Si no las declaró, podrá hacerlo vía DDJJ, pero para eso debe dar de alta el impuesto, y la DDJJ tiene el vencimiento general (Abril o Mayo, según corresponda) y no el 30/06.

Esa diferencia que quedó a favor no podrá reclamarlo al Empleador, dado que no es responsabilidad del mismo, ya que las retenciones fueron correctamente calculadas según la info aportada por el empleado.

Saludos.

Seguramente en Marzo le retuvieron la diferencia.

Controlá eso.