Facturacion de IVA retroactivo en cobro de los alquileres HELP

Por favor, si alguien puede ayudar con este tema: tengo que cobrar el IVA retroactivo a una empresa que alquilan dos unidades en un edificio (EN MISMO PISO, son continuas, contratos separados pero en mismo dia firmado y abonan los dos alquileres en un cheque).
Por separado el monto de alquiler de cada una no supera 1500 $ pero en conjunto si. LA PREGUNTA ES como hago para cobrar retroactivo el iva por todo el tiempo anterior???
Tengo la voluntad por el lado de inquilinos abonar el IVA retroactivo pero no se como instrumentarlo.
Desde ya muchas gracias