ingresos brutos

si se tiene una sociedad de hecho perteneciente a un instituto de enseñanza, luego uno de los socios deja la sociedad, y el que queda, realiza los trámites a su nombre para la oficialización de títulos, logrando de esta manera la exención de ingresos brutos, pero comete el error de no dar de baja a la sociedad, el instituto ha funcionado desde el 2001 al 2006, dándole de baja. En junio del 2007, el socio que ha quedado al frente del instituto, recibe una notificación de rentas, que no da lugar a la exención, porque exigen que la resolución ministerial de la oficialización salga a nombre de la sociedad.
La resolución del ministerio no se puede reformar, ¿cómo se puede salvar la situación en rentas?. La ley especifica que la educación privada oficial, está exenta de ingresos brutos, si se exige elo pago de la supuesta deuda, no se iría en contra de la ley?
Cómo podría salvarse esta situación? Gracias