Ingresos Brutos Convenio Multilateral

Buenas tardes, tengo que liquidar el impuesto de referencia para las jurisdicciones de Buenos Aires y Capital Federal, por el SIFERE, el problema es que para la jurisdicción de Capital Federal es un régimen especial de liquidación (ventas menos compras), mientras que en provincia es base imponible directa, por consiguiente por papeles de trabajo las bases imponibles son distintas, alguien sabe como preparar la declaración jurada.

Gracias