Hola:

1) Con el monotributo pagas la parte del impuesto integrado (IVA y Ganancias). Al matricularte en el CPCE CBA, no pagarías la parte previsional, tampoco pagarías la parte de obra social. O sea, al inicio, te podrías categorizar en la B (si los parámetros te dan); y pagas $39 de monotributo, más la matricula en el consejo(que no se si está en algo de $1.400 mensuales).
El art. 208 - inciso 10 - del código tributario provincia de CBA - exceptúa objetivamente del pago de IB. Igual deberías inscribirte (porque te pedirán el número de inscripción en la imprenta para hacerte el facturero) y luego solicitas la exención objetiva en rentas (agencia donde te inscribís).
2) Vas a emitir factura C (acordate que ahora van con CAI), por ende no discriminas IVA. Si quien recibe tu factura, no le da ningún "uso" fiscal; no hay problema para vos.
La ley antilavado, en su artículo 1, establece que si emitís factura por encima de los $1.000, te deben abonar con cheque, tarjeta, transferencia bancaria (en la práctica ésto no se da).

Mientras estés matriculado, debes emitir factura, por la siguiente razón:

Ley 25.865

ARTICULO 11. — Cuando la Administración Federal de Ingresos Públicos, en virtud de las facultades que le otorga la ley 11.683, texto ordenado en 1998 y sus modificaciones, verifique que las operaciones de los contribuyentes inscriptos en el Régimen Simplificado (RS) no se encuentran respaldadas por las respectivas facturas o documentos equivalentes correspondientes a las compras, obras, locaciones o prestaciones aplicadas a la actividad, o por la emisión de sus respectivas facturas o documentos equivalentes, se presumirá, salvo prueba en contrario, que los mismos tienen ingresos brutos anuales superiores a los declarados en oportunidad de su categorización, lo que dará lugar a:

a) Que el citado organismo los excluya de oficio a cuyo fin se deberá aplicar el procedimiento indicado en el inciso e) del artículo 27, no pudiendo reingresar al régimen hasta después de transcurridos tres (3) años calendarios posteriores al de la exclusión.

b) La exclusión del régimen establecido precedentemente se efectúe con independencia de las sanciones que pudieran corresponder por aplicación del artículo 40 de la ley 11.683, texto ordenado en 1998 y sus modificaciones.

Espero haber ayudado.

Saludos.

Cuando te das de alta en el monotributo, es ahí donde optas por el no pago de la parte previsional y obra social (seguramente el sistema de AFIP te pedirá datos de la caja CPCE CBA).

Primero deberías matricularte, luego hacer el alta en el monotributo, luego verificar que no necesitas habilitación municipal, luego inscripción en rentas, y por último el facturero.